А что тут не допонимать?

Переменная это указатель на объект, а не сам объект.

Поэтому после записи
subtemp1 = high.sub
в переменной subtemp1 ссылка на тот же самый объект, что и в sub.

В итоге, если объект изменяется (например, sub.changeSmth(), но не sub = new SubTemp(...)) те же самые изменения "будут сделаны" и в subtemp1, т.к. обе переменные ссылаются на один и тот же объект.

В твоём случае нужно делать копию объекта, что-то вроде
subtemp1 = (Subtemp)high.sub.clone() или new Subtemp(high.sub).
Естественно, это нужно реализовать сначало :)

Или хорошенько подумать, а можно ли обойтись без этого присвоения совсем.

patch: сначало -> cначала :)