Если разработка ведется для фирмы, использующей только продукты Microsoft, было бы странно писать на Java. На ASP.NET как раз удобно разрабатывать тяжелый web-интерфес для корпоративных приложений, и WinForms лучше выглядят и проще делать.

Однако на Java в данный момент больше бесплатных библиотек с открытым кодом, например, для объектно-реляционного отображения. Собственно говоря, многоплатформенность и возможность свободно переходить от одной базы данных к другой - тоже плюс.

Одно из преимуществ web-приложений в том, что на компьютер пользователя не придется ничего ставить, кроме браузера. Если в приложение вносятся изменения, все пользователи одновременно начинают работать с новой версией. В случае специального клиентского приложения, пользователям (или администратору) пришлось бы устанавливать его на все машины. При этом требовалось бы поддерживать и новую и старую версии системы.

Под тяжелым web-интерфейсом я имел ввиду, страницы размером до 200 кБ, с сохранением состояния между перезагрузками, поддрежкой компонентно-ориентированной модели программирования, сложной логики работы интерфеса пользователя. В интрасети такое можно сделать на ASP.NET достаточно легко. На Java, думаю, тоже, но использовать нужно не сервлеты и JSP, а что-то более высокоуровневое, например, упоминавшиеся здесь JSF и Tapestry.

Использовать один, несколько web-интерфесов или спец. клиенты зависит от задачи. Web может работать и быстрее и медленнее по сравнению с обычным приложением, но зато возможностей для оптимизаций и кеширования данных на разных уровнях больше.

Логика представления будет большей частью на сервере. Конечно не очень бытро, но в интрасети терпимо.

И еще по поводу "распределения". Java у нас не распространен, ибо подавляющее большинство пользователей используют операционную систему и другие продукты сами знаете какой фирмы. Если не нужна многоплатформенность, зачем использовать более сложный подход? Если нужно взаимодействовать с MS SQL, управлять оборудованием через COM-объекты, работать с данными из Active Dircetory, отсылать письма через CDO и обрабатывать Word и Excel документы, Java не самый удачный выбор.