Была такая проблема, решил. Если апплет и подгружаемые им файлы находяться на одном хосте, то никаких настроек у клиента (типа изменить .java.policy) делать не надо. Все нормально загружаеться и распаковываеться.
Посмотрю вечером исходники, выложу

protected Object load(String nameArhive,String nameEntry){//loadObject

Object object=null;
try{

URLConnection urlConnection = new URL(m_applet.getDocumentBase(),nameArhive).openConnection();
urlConnection.setDoInput(true);
urlConnection.setDoOutput(false);
urlConnection.connect();

int readSource = 0;
int read;
int i=0;
int j=0;

InputStream is = urlConnection.getInputStream();

byte[] tempSource;
byte[] source = new byte[2048];
do{
if(readSource+(read=is.available())>source.length){
tempSource = source;
source = new byte[source.length*2];
System.arraycopy(tempSource,0,source,0,readSource);
}
readSource+=is.read(source,readSource,source.length-readSource);
}while(read>0);

urlConnection.getInputStream().close();

ZipInputStream zipInputStream = new ZipInputStream(new ByteArrayInputStream(source,0,readSource));
ZipEntry zipEntry;
for(;;){
if((zipEntry = zipInputStream.getNextEntry())==null)
break;

if(zipEntry.getName().equals(nameEntry)){
object=(new ObjectInputStream(zipInputStream)).readObject();
zipInputStream.close();
break;
}
zipInputStream.closeEntry();
}
}catch(Exception e){
e.printStackTrace();
}
return object;
}

Вышеприведенное проверено в IE, Netcape, Opera

Да можно, в любом случае сначала скачиваеться архив, потом уже распаковываеться в апплете.