Ну спросил, вот спросил бы еще месяц назад так ответил бы со всеми деталями, а так только впечатления
у меня была похожая проблема я правда пытался поженить jbuilder7 & jbuilder8, девятки тогда не было с oracle sqlj translator, сделал все отлично пути, библиотеки, на стадии компиляции таже проблема что и у тебя,
причем из командной строки все проработал и черт, не помню детали но я брал строку которую запускал ДжаДжаБилдер и вырезал из нее какой-то фрагмент и тогда из консоли все класно компилилось и преобразовывалось а научить Билдера запускаться с заданной строкой не получилось, в общем мне тогда подвалил oracle jdeveloper и я понял что это мое и для баз и для остального, никаких проблем с sqlj не было, правда я пробовал mysql * oracle, но какая в принципе разница.