J2EE это набор спецификаций, описывающих стандартные сервисы предоставляемые application и web серверами работающими на Java.
При этом сервисы ориентированы на работу с так называемыми Enterprise Applications (можно сказать бизнес-приложения, но это не совсем точно). То есть:
- Веб-сайты с динамическим контентом
- Обработка бизнес транзакций
- Веб-сервисы
- Асинхронная обработка сообщений
- И т.д. и т.п.
У Sun есть так называемый Reference Implementation, который полностью соответсвует спецификации. Он используется при разработке спеков и для примеров разработчикам.
Обычно сторонние разработчики application серверов, включая BEA(WebLogic), IBM (WebSphere), пишут свою имплементацию и сертифицируют ее согласно какой-то версии спецификации J2EE.