1. C:\jre\bin> java имя.пакета.ИмяКласса (без всяких .class)
2. C:\jre\bin> java -jar имяФайла.jar
соответственно, внутри jar-а должен быть файл с описанием параметров запуска (mainfest.mf с указанным Main Class).
3. При помощи скрипта для ANT/MAVEN. По сути дела - один из первых двух вариантов, выполняемый автоматически.

Больше ничего в голову не лезет.

======================
- Я подхожу к клетке с медведем панда...
Видите, какие у него черные круги под глазами?!
Медведь панда как бы всем своим видом говорит нам: "Не бухайте!"
======================