По порядку:
1. Чем инкапсуляция лучше.
а) Во-первых вы скрываете как вы храните какие-то данные. То есть сейчас вы их, например, храните в коллекции, потом вы решите, что лучше их вычислять при запросе пользователя.
б) Вы следите за тем, как данные меняются. То есть можете устраивать проверку на корректность поступаемых данных, выполнять какие-то действия (уведомлять слушателей например).
2. Теперь проблемы с многопоточностью. В целях оптимизации поток может закешировать переменную, чтобы не обращаться к ней в дальнейшем, то есть она поменялась, но поток этого не знает и использует старое значение. В принципе это решается с помощью объявления переменной с модификатором volatile . Но все же лучше использовать встроенные методы синхронизации в Java, например мониторы.

http://java.sun.com/docs/books/jls/third_edition/html/classes.html#8.3.1.4