Никак не принято, зависит от ситуации.
Где-то прочитал, что проблема пошаговой отладки в отличие от трассировки в том, что трассировка позволяет увидеть работу программы на временном промежутке времени, а при отладке по шагам очень быстро забываешь про значение какой-нибудь переменной или про стек вызова.
Проблема с трассировкой в том, чтобы понять, что именно должно выкладываться в трассу. Кто-то либо сразу пишет bugfree код и у него этой проблемы нет. А кто-то запускает программу, видит что она не работает, понимает что логи не дают полной информации, добавляет это в логи, пересобирает проект - а на это все уходит время.
Дебаггинг может быть полезен в процессе изучения работы какого-нибудь фреймворка, когда имеющейся документации может быть недостаточно и понимание "как его использовать" можно получить из исходного кода. Здесь opensource рулит, главное понаставить breakpoints и добраться до точки где принимается решение. Из последнего например была проблема с генерируемыми JIDEA методами equals в условиях работы с Hibernate - без дебага можно долго биться головой об стену.
Если есть возможность, то софт пускается под дебаггером + в самом коде вставки под трассировку, что позволяет взять положительные стороны каждого подхода. Сначала смотрим по логам, что не работает и обычно этого достаточно, ну а если возникает состояние "ну я не понимаю, как это работает" тогда врубается дебаг.
JUnit тоже рулит. Просто в моем понимании это средство, дающее вам уверенность в том, что изменив что-то, программа все еще работает правильно. Дебаггинг нужен когда вы работаете с чужим кодом и когда вообще не понимаете как это работает, трассировка нужна когда вы сами пишете программу, а JUnit для уверенности. Соответственно чем больше JUnit-ов, тем лучше. Пару раз спасало - ощущения непередаваемые.
Наверное большинство согласиться, что вопрос "как правильно отлаживать" можно переформулировать в "как эффективно делать трассировку". Может где-то на форуме это уже есть, может у кого-то свои собственные правила. Я же пока понял одно, что убирать трассировку из кода не надо , даже когда программу отладили и она работает правильно. Лишняя трассировка не повредит, чем больше информации - тем меньше область, в которой придется искать ошибку. Ну а если понадобилось внести трассировку, значит метод изначально спроектирован как-то неправильно или мы используем у себя как-то неправильно спроектированный метод. Пришла мысль, что трассировка должна идти напару с JUnit , ведь если мы добавляем трассировку, значит мы не уверены что метод работает правильно, а значит нам надо либо его разбить на части, в которых мы будем уверены, либо написать тест.