Алгоритм, по идее, простой:

в толстом клиенте провести рефакторинг, всю работу с БД вытащить в DAO слой, бизнеслогику отделить от отображения и от получения данных. Для начала можно это попытаться сделать для тех же справочников.
(Впрочем, вполне возможно, что это уже сделано).

Потом бизнеслогику справочников и их DAO перенести на сервер, а на клиенте получение данных из DAO слоя заменить на получение с сервера. (В идеале - просто связыванием с другой фабрикой).

Судя по всему, раз уровень работы с БД уже написан, то EJB x.0 в полном объеме не обязателен, разве что Stateless bean. Я бы советовал использовать что-то более простое, те же сервлеты в прямом виде с передачей сериализованных Java объектов и каким-нибудь простым кэшом.

Еще стоит настроить систему нотификации клиентов об изменении справочников - если производительность существенна. Что бы каждый раз, когда потребовался элемент справочника, его не приходилось бы запрашивать с сервера.