Собственно САБЖ.
Запускаем консольное приложение java -jar "/home/user/NetBeansProjects/JavaApplication1/JavaApplication1.jar" или cd "/home/user/NetBeansProjects/JavaApplication1/" && java -jar JavaApplication1.jar. Как в самом приложение получить каталог программы (полный путь) независимо от того как запущено приложение, т.е. в примере должно быть "/home/user/NetBeansProjects/JavaApplication1/".

ДуремарПопробуйте System.getProperty("user.dir")
Но полагаться на это свойство я бы не стал. В случае, если ваше приложений запускается из под WebStart это свойство будет (в Windows) указывать на рабочий стол.
Если необходимо хранить что то в файловой системе клиента, то лучше всего получать свойство "user.home" (в случае Windows оно указывает на C:\Documents and Settings\<имя_пользователя>), создавать там подкаталог и уже в нем сохранять ваши данные.
Если у вас GUI приложение, то очень полезно сделать диаложку "О системе", где в таблице отобразить все ключи и соответствующие свойства из System.
Неужели нельзя просто получить каталог программы?
Как то это странно, даже в бат файле можно, в делфи можно, а в яве нельзя?
Странно....

ДуремарМожно, наверное, попытаться узнать где находится Main class. Но как это сделать - я не знаю. Может на форуме кто подскажет.
Собственно это и нужно получить абсолютный путь к Main классу.