Alexey KuznetsovЧерез файл, я то же уже думал, внешняя программа, запускает мою программу с указанием файла в котором записаны инструкции для выполнения, а моя программа по завершении работы, запишет данные в другой файл. Но мне кажется это будет несколько "тяжеловесное" решение, так как запуск jvm не моментальный, хотя я сильно подозреваю, что при повторных запусках оно закэшируется операционкой и будет стартовать пошустрее.Как уже сказали - канал.
Внешняя программа запускает дочерний процесс, пишет команды на (его) стандартный ввод, читает ответы из (его) стандартного вывода и, опционно, мониторит его stderr на предмет возможных ошибок.