Anatoly DОбеспечить качественную разработку модульной системы для параллельного исполнения внутри одного процесса очень трудно :(
А параллельное исполнение разных процессов чем легче? Не понимаю.

Пусть у вас 2 приложения, каждое начинается своим методом main(). Пишем небольшой пускач, запускающий оба main'а на разных потоках в одном процессе. Для приложений это эквивалентно тому, что они запустились в разных процессах. Если же возникла паразитная связь через статические переменные классов, используемых в обоих приложениях, то это свидетельство плохого программирования (использование статических переменных должно быть сведено к минимуму) и хороший повод переписать эти места. Если переписать трудно, то можно запустить приложения каждое через свой класслоадер, и паразитная связь исчезнет. После этого, в пускаче создать транспортные объекты (рекомендую очереди) и передать ссылки на них каждому приложению.