eldarkaa ,
Ваша проблема к Java отношения особо не имеет. Вам надо просто где-то хранить метаинформацию. В конечном счете, это все равно будет некий "файл", будь это файл в папке, файл данных СУБД, или файл данных в удаленном облаке. Это не принципиально.
Вот и думайте, как его хранить.
Хотите - просто киньте на диск, и все.
Хотите - воспользуйтесь средствами ОС (напр. shadow copy) в Windows.
Хотите - руками делайте копии этих файлов каждый день, чтобы откатиться.
Хотите - используйте какую-нибудь систему контроля версий, напр. локальный SVN, распределенные Git, и т.д.
Хотите - закиньте их в СУБД.
Хотите - закиньте их в облако (Azure, S3, OenStack, etc, Microsoft Office).
И т.д..

Касательно перформанса и "медленного IO в Java". Во-первых, IO медленный не в Java, а по своей сути. Медленный относительно работы с оперативной памяти. Во-вторых, что бы запаривать о проблемах с проиводительностью, нужно быть достоверно уверенным, что они либо уже есть, либо гарантированно появятся.
Вот конкретно сейчас вас перформанс парит? Сколько у вас сейчас юзеров? Как часто обращаются к этим файлам? Как быстро растет количество обращений к файлам? Как быстро растет размер этих файлов? Если это просто метаданные, то их вряд ли будет много. И если проведете элементарный математический расчет вкупе с несложным лоад-тестированием, то можете прийти к совершенно неожиданным выводам, начиная от "жопа уже настала, надо срочно что-то менять", до "такими темпами моего занюханного Intel Core i3 хватит еще на 10 лет для этого приложения".
Если же все таки проблема есть, то решений опять таки масса. Закинуть файлы в облако, закинуть их в СУБД или кластер СУБД, закинуть их в память, сделать memory mapped, воспользоваться каким-нибудь коробочным кэшом, и т.д., и т.п.