redwhite90Blazkowicz"Ктота" пишет свой ютуб? Читай статьи по его архитектуре и принципам работы. Информации валом.
- Да, все входящие видео перекодируются в единый формат, который проще хранить и читать. Потому что читать и показывать все форматы, это масса работы. Перекодировать при загрузке на много проще.
- Чем именно показывать это спорный вопрос. С одной сторы флеш умеет больше. С другой стороны он сам по себе тормозной и не актуальный.

Ничего из этого к Java отношения не имеет. На специализированых ресурсах можно получить больше полезной информации.

Даже перекодирование при загрузке к java не имеет отношение?

Даже перекодирование. Сами вы кодировщик не напишите т.к. контейнеров и кодеков много а вы один, Проприетарная либа стоит денег и скорее всего немало, да вряд ли есть такая которая поддерживает все множество кодеков и контейнеров.
Так что ffmpeg ваше все.
Где то на youtube был доклад от mail.ru специалистов как они организовали обработку видео и как стыковали все. Тоже пользовались ffmpeg.