String xml=readFileAsString("test.xml");
Document doc = parseDocument(xml);
Element nscontext = XMLUtils.createDSctx(doc, "ds", "http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#");
NodeList list = XPathAPI.selectNodeList(doc, "//ds:Signature", nscontext);
Element sigElement = (Element) list.item(list.getLength() - 1);
XMLSignature signature = new XMLSignature(sigElement, "");
org.apache.xml.security.keys.KeyInfo ki = signature.getKeyInfo();
X509Certificate certKey = null;
certKey = ki.getX509Certificate();
System.out.println(signature.checkSignatureValue(certKey));

//Строки берутся из этого же файла "test.xml"
String cert="...";  //Строчка берется из <ds:X509Certificate>
String data="...";  //Строчка берется из <ds:DigestValue>
String sign="...";  //Строчка берется из <ds:SignatureValue>
Certificate certificate = CertificateFactory.getInstance("X509").generateCertificate(new ByteArrayInputStream(Base64.decode(cert)));
PublicKey publicKey=certificate.getPublicKey();
Signature signature2 = Signature.getInstance(publicKey.getAlgorithm());		
signature2.initVerify(publicKey);
signature2.update(Base64.decode(data));
System.out.println(signature2.verify(Base64.decode(sign)));