z3r9, не совсем понятно что вы хотите. Можно в документ Lucene добавить поля doc_id, которое будет ключ к записи в БД.
Изменения делать в транзакции для консистентности.

Т.е. из Lucen'а получать список документов, которые удовлетворяют запросу, извлекать из этого списка id, и уже по этим id строить запрос с критериями в БД.

Готовое решение есть в Hibernate Search

Petro123, как интересно Вы организуете поиск по запросу и с ограничением на id? BitSet? Только это не будет NRT.

Petro123, Я не топистартер) Для такой формы lucene хватит(фильтрация). Как я понял, у z3r9 данные документа меняются, если этот документ оказывается в выдаче(счетчик и какие-то поля нужно обновить).

z3r9, еще раз. Что изменяется в абстрактном документе, если он попадает в выдачу пользователю? Изменяется только счетчик?

z3r9, мне кажется тут Hibernate Search как раз или документ в индексе lucene + запись в БД

z3r9,
1) Получить HTML/PDF/DOC документ который нужно проиндексировать.
Это задача Web crawler.

2)Извлечь из HTML/PDF/DOC документа данные для индексации.
Это делает Jsoup(HTML)/ Apache Tika(остальное)

3)Проиндексировать данные полученные на шаге 2.
Это задача Lucene/Solr/ElasticSearch и другие.

При использовании Hibernate Search Вы сами должны выполнить действие 1 и 2.
Затем полученные данные присваиваете полям объекта, который использует нужные аннотации.
Все остальное берет на себя Hibernate Search(выполняет шаг 3 и позволяет искать по индексу).

z3r9, не могу точно сказать, но думаю можно, чтобы часть данных были только в индексе lucene, а часть только в БД.