Если уж говорить о + и - Hibernate, то следует упомянуть, что это только одна из нескольких технологий для реализации объектного доступа к реляционным БД (технология ORM - Object/Relational Mapping). Среди основных альтернатив:

JDO (Java Data Objects)
Oracle TopLink (проприетарная технология Oracle)

Из всех названных только JDO является утвержденной спецификацией (JSR 220), т.е. есть все шансы на то, что данная спецификация (и ее развитие) станет стандартом.

Хотя исторически Hibernate был первой из названных технологий, на мой взгляд наибольшие перспективы сегодня есть именно у JDO. И основная причина - возможность создания приложений действительно независимых от используемой СУБД. Вокруг этой независимости в основном и кипят страсти.
Разумеется производители СУБД не слишком рады такой возможности и субсидируют развитие проприетарных решений, привязанных к конкретным продуктам (Oracle TopLink). У Hibernate в этой войне весьма двусмысленное положение - пытается сидеть на двух стульях сразу, что вряд ли может продолжаться долго.

По существу могу сказать, что использование JDO или Hibernate может существенно ускорить разработку (отладку, модификацию, сопровождение ...) приложений со сложными структурами хранимых и обрабатываемых данных. В то же время, неизбежной платой является некоторое замедление работы таких приложений за счет увеличения числа звеньев программы и неприспособленности реляционных СУБД к работе с объектными данными (если только вы не используете объектную СУБД).