Если я зайду на сайт, который предложит мне скачать батник, который скачает хз что и хз что с этим потом будет делать, то мой хз какой антивирус начнёт плакать :)

webStart позволяет установить програмку с веб странички, причём гарантируется, что эта программа не станет мне "вредить", так же как не станет мне вредить applet.
Кроме того, webStart позволяет избежать конфликта версий, лишних скачиваний (кеширование апплетов браузером или плагином не панацея) и главное, всех любителей MS JVM можно послать в хорошо известное многим место, в котором последней самое место.