GMax...Вроде так никто не делает... Твои классы отдельно, сторонние отдельно.
Делают-делают, есть любители :). Сталкивался с таким, люди делали это с помощью анта:
build.xml
...
<unjar overwrite="true" dest="${classes.dir}">
<fileset dir="${lib.dir}">
<include name="**/*.jar"/>
<exclude name="**/junit*.jar"/>
</fileset>
</unjar>

<jar jarfile="${dist.jar}" basedir="${classes.dir}" includes="**/*" />
...

Но здаецца мне, шо и Эклипса такое умеет. Точно к сожалению не скажу :(