Некоторые инсталлировщики могут работать в "тихом" режиме
т.е. без выдачи на экран окошек. Это удобно для работы в пакетном
режиме. Поддерживает-ли инсталлятор это? Надо почитать
по нему readme.

Вообще, для выполнения подобных административных задач, я обычно
создавал свой собственный инсталлятор. Процесс выглядит
так.

1) Берем чистую ОС. Для этого необязательно все форматировать.
Рекомендую поставить эмулятор VMWare .

2) Включаем RegMon и FileMon . Трассируем изменения в реестре и файлах.

3) Собираем свой собственный MSI инсталлятор. Для этих целей я
использовал MSVisualStudio.Net .

Для ОС Linux процесс выглядит проще. Не надо трассировать реестр.