Сейчас программ на java для КПК почти нет из-за ее слабой поддержки. Из известных можно назвать только браузер Opera mini (мидлет), Bombus (мидлет) и Toonel (апплет, выполняемый отдельно от браузера).
На сайте Sun для КПК ничего нет. Для мидлетов в принципе имеется хороший эмулятор Tao Intent JMM, его последняя версия 10.1.2.76 работает в том числе на WM 5.0. Но это - платная программа, за исключением коммуникаторов от HTC, где этот эмулятор установлен в качестве штатного. Есть еще бесплатный эмулятор IBM J9 MIDP 20 JMM, но он не на всех КПК работает стабильно. У меня, к примеру, работает весьма паршиво.
Апплеты, выполняемые браузером, можно исполнить практически только java-машиной Jeode Runtime JVM, у которой есть java-плагин к IE. Эта java-машина установлена в качестве штатной на некоторых моделях КПК, для остальных же - это сейчас платная программа. Есть еще браузер NetFront v. 3.3 ($25), который хорошо исполняет апплеты, заргужаемые из интернета, но если этот апплет находится на КПК, то NetFront работать с ним отказывается.
Апплеты, выполняемые отдельно от браузера - вот здесь есть несколько стабильно работающих на WM 2003 java-машин - помимо вышеуказанной Jeode еще есть CrEme JVM (платная) и IBM J9 PPRO 10 JVM (бесплатная), но что касается их работы на WM 5.0, то однозначно пока можно сказать только о CrEme JVM, что она - нормально работает.
Относительно JNI ничего конкретного сказать Вам не могу, поскольку я не программист.