Думаю, что можно:
1) поэкспериментировать с кэшем второго уровня (на уровне SessionFactory), который не чистится;
2) использовать Session.reconnect(), ведь "Session is closed!" – это не Nullpointer, с этим можно жить;
Можно, наверное, и еще что-то придумать? Ссылку глянуть не удалось, т.ч. если говорю то, что Вы и без меня знаете, то не ругайте.

Сейчас перечитал еще раз все (вопрос и свой ответ) и кажется я ошибся. Reconnect() не поможет, похоже, поскольку Вы сами делаете close() сессии, поэтому reconnect() даст Вам ту же самую ошибку.Т.ч. надо думать.
Правда, справедливости ради, надо сказать, что смотрел я в исходниках Hibernate 3.0, а не 3.1. Кстати, в 3.0 метод еще не был deprecated.

И еще, если взгянуть на документацию (опять же hibernate 3.0), то видим вот такое:

hibernate.cache.use_second_level_cache
May be used to completely disable the second level
cache, which is enabled by default for classes which
specify a <cache> mapping.

Т.е. это значит, что классы которые кэшируемые
по-дефолту в кэш второго уровня попадают и оттуда берутся при последующих обращениях...
Т.ч. должно все работать через кэш, если у Вас настройки дефолтовые.

авторВидно пришла пора поработать с кэшем 2 -го уровня.

По идее с ним не надо специальные какие-то операции делать, его не надо специально включать (главное не выключить случайно). Ну и классам указать, что они кэшируемы <cache> надо.

автор А Вы с JBoss не работали ? Не знаете как вырубить лог парсирования HSQL Hibernate ? В jboss-service.xml у меня записано
<attribute name="ShowSqlEnabled">false</attribute>

а в \\server\default\log\server.log все равно пишутся логи. Лишние тормоза хотелось бы отключить.

Про jboss я Вам не скажу, но думаю что jboss тут и не при делах. Зато про логгинг в Hibenrate могу сказать:
1) Hibernate сам свои логи пишет используя commons-logging;
2) Можно управлять логгированием sql запросов Hibenrate-а:
В настройках hibernate есть show_sql – поставьте в false:
3) Если это не помогает, то возможно у Вас как-то логгинг не до конца настроен. Такое (что логии пишутся, когда их никто не просит) бывает (ну у меня, во всяком случае, такое было), когда неправильно (не до конца) был сконфигурирован логгинг в приложении (commons-logging в сочетании с log4j). В принципе, могу подробнее рассказать (ну как я боролся под Tomcat-ом с «несанкционированным» логгированием в Hibernate), но пока не понятно надо это или нет, в этом проблема или нет.

Опять же, если что-то тривиальное и хорошо известное сказал прошу прощения.