POJO и JavaBeans нельзя противопоставлять. Это просто термины с разной историей, но, в итоге, обозначающие примерно одно и то же.
Термин POJO появился как синоним "не EJB" во времена EJB 2.х. Тогда enterprise бины были перегружены кучей интерфейсов и обязательными, но, зачастую, тривиальными методами. EJB 3.x это уже POJO с аннотациями.
JavaBeans это спецификация на свойства и разнообразные, связаные с ними, слушатели. Вот только слушателями этими на GUI пользуются, в основном. На server-side толку от них не много. Поэтому JavaBeans на сервере вырождается в любой класс со свойствами.
JavaBeans на серевере это те же POJO, а POJO это те же JavaBeans.