Я предложил вариант для полного цикла, а не для "свернуть приложение".
Совсем непонятно, что означает ваше "в никуда".

Копирование - операция далеко не атомарная. В зависимости от используемого средства это может быть и перезапись имеющегося и удаление-создание нового.
Именно поэтому я рекомендовал использование описателей контекста и war/каталог вне webapps - при перезаписи одного крохотного файла всяческих спецэффектов будет меньше. Просто ноль в подавляющем большинстве случаев.
Если использовать соглашения для параллельного развёртывания и "специально обученное приложение", то редактировать описатель вообще не надо - простое "touch файл" и всё заработает.

вадяпотому как если в webapps нет вар файла , он записывается куда следует.
а если файл есть - ...Если развёртывается war, то его содержимое будет распаковано во временный каталог контейнера и (фактическая) загрузка приложения будет произведена из этого каталога.
Undeploy означает, как помнится, перепаковку (исходного) war, что ещё медленнее.
Именно по этой причине я полностью забил на war, т.к. при сисадмину пофигу что копировать - один файл или целый каталог, а перезапуск из каталогов существенно быстрее.
Если нет уверенности в быстром завершении приложения, то проще остановить контейнер и стартануть его с новыми docBase в описателях. Заодно и архивы версий тривиально делаются

P.S. Это всё, конечно, если в одной JVM работает одно приложение или группа взаимосвязанных приложений, которые без проблем можно одновременно остановить.
Если приложений несколько и каждое должно быть максимально доступным, то останов JVM может быть неприемлим.
Тогда всё сложнее и надо смотреть конкретный винигрет.