Спасибо Вам огромное - lleming, Dmitry., Blazkowicz!
С участием и помощью в моей проблеме!

Всё заработало когда переустановил java, брал её вот тут: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk7-downloads-1880260.html

Если вдруг кто встанет на те же грабли
rpm -Uvh jdk-7u80-linux-x64.rpm
alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/latest/jre/bin/java 200000
alternatives --install /usr/bin/javaws javaws /usr/java/latest/jre/bin/javaws 200000
alternatives --install /usr/bin/jar jar /usr/java/latest/bin/jar 200000
alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/jdk1.7.0_80/jre/bin/java 200000
alternatives --install /usr/bin/javaws javaws /usr/java/jdk1.7.0_80/jre/bin/javaws 200000
alternatives --install /usr/bin/javac javac /usr/java/jdk1.7.0_80/bin/javac 200000
alternatives --install /usr/bin/jar jar /usr/java/jdk1.7.0_80/bin/jar 200000
alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/latest/bin/java 200000
alternatives --install /usr/bin/javaws javaws /usr/java/latest/bin/javaws 200000

ну или просто меняем alternatives --config java

Ещё раз спасибо вам!

Завтра буду пробовать не на виртуалке, а на том сервере, где как раз всё и было, надеюсь всё будет хорошо и отпишусь!

Всем здравствуйте ещё раз, попробовал на другом сервере, но к сожалению ничего не вышло..
При обновлении вообще зарагалась jre7_1.7.0.17

rpm -Uvh jdk-7u80-linux-x64.rpm
Preparing... ########################################### [100%]
file /etc/init.d/jexec from install of jdk-2000:1.7.0_80-fcs.x86_64 conflicts with file from package jre-1.7.0_17-fcs.x86_64
В итоге удалил rpm -e jre-1.7.0_17-fcs.x86_64 и установил. Устанавливал тот же пакет, что и на другом сервере, всё проверял на glassfish3.1 работает нормально но java 1.6 соответственно, но вот glassfish4(такой же) не хочет работать..
В опциях стоит UTF-8 и -Dfile.encoding=UTF-8 в jvm options.

ФС так же поддерживает кириллицу.
Увидел только одну проблему с #locale, она почему-то после перезагрузки стала en_US.UTF-8 вряд ли конечно, но хочу спросить может быть проблема с локалью?

С локалью вопрос решил, добавив в .bash_profile export LANG="ru_RU.UTF-8", но проблему это не решило, странно что jar xf filename.war распаковывает всё отлично, а вот deploy glassfish - нет..

В итоге решил проблему путем export LANG="ru_RU.UTF-8" в init-скрипт. Хоть glassfish и запускается от пользователя glassfish, у которого LANG=ruRu.UTF8, профиль в ините не загружается, поэтому нужно указывать явно в самом скрипте экспорт.

Ещё раз спасибо всем кто участвовал.