Народ, всем спасибо за помощь.
Из последнего примера мне стало окончательно ясно, что нужно что-то менять на этапе формирования самого объекта.
Т.к. за формирование объекта у меня отвечает JAXB, то было решено копать в его сторону. Всё, что мне нужно было - это указывать родителя в момент создания объекта.
В один из вечеров, во время поиска, я наткнулся на одну статью про JAXB, где увидел очень интересный метод afterUnmarshal с параметрами (Unmarshaller unmarshaller, Object parent ). В режиме дебага посмотрел, кто же приходит в него 2-м параметром и, как оказалось, это был действительно тот объект, который мне был нужен.

Добавил в сущностях методы типа


и всё заработало.

Возможно эта информация поможет кому-нибудь еще. Еще раз всем спасибо.