Да, в JDeveloper10g такое есть, в предыдущих версиях - не помню, в JBuilder тоже такое есть (если я правильно понял твой вопрос).
Но если продумать сруктуру пракетов то, в общем-то, везде всё нормально, так что на мой взгляд, всё должно быть ок.
А в JBuilder вроде-бы, что-то на подобии "виртуальной" папки можно было создать в дереве проекта.
В JDeveloper10g можно этим управлять кнопками на панели инструментов System - Navigator, я скриншот приложел, если поможет

Sources, Deployment, Enterprise JavaBeans - это всё в зависимости от вида представления, автоматически, естессно (на скриншоте в представлении Package List, всего 4 вида представления: Directory Tree, File List, Package Tree, Package List, активируется выпадающим списком на панели инструментов систем навигатора или чере меню Project (ставишь галочку напротив Show Categories и выбираешь в списке Organize by...)
У меня JDK 1.4.05, ничего старого не перетаскивал на этот JDK (с него, в общем-то, и начал :-)), так что не знаю, будет или нет работать старое
А вообще 10g по прикольнее будет, чем более раниие продукты Oracle JDeveloper, хотя всё равно ещё на "отлично" не тянет, по моему мнению