Посмотри статью Сергея Астахова: http://java.mediacomweb.com/article/index.jsp?id=2
Скорее всего в твоем случае понадобится преобразовать строку в байтовый массив указав кодировку , а затем из байтового массива создать новую строку с учетом необходимой кодировки:
byte[] tmp=string.getBytes("CP866");
string=new String(tmp,"CP1251");
Хотя конечно лучше если ты будешь преобразовывать кодировки на уровне потоков ввода-вывода: InputStreamReader, OutputStreamWriter