У технологии EJB (а она имелась ввиду?) есть свои плюсы и минусы, как у любой другой технологии. Не думаю, что от неё откажуться в скором будущем, т.к. наверняка у буржуев в неё куча денежки вбухано, да и у нас тоже, редкими местами... На мой взгляд, тут вопрос скорее что-то типа "стоит ли ходить с пушкой на комаров". Если далать всё по "буржуйски" и по уму, то система с использованием EJB будет довольно дорого стоить. И для малых и средних по размеру "дел" накладно будет (как по софту так и по аппаратам), да и не нужно. Вскользь эта тема затрагивается в очень интересной книженции "Архитектура корпоративных программных приложений" М.Фуллер (я покупал на books.ru). Не то, что бы она даст ответ на поставленный вопрос, но позволит взглянуть на вещи по другому.