Мне кажется проблему можно решить через использование группировки.
В JDO 2 введены свойства группирования. Это может выглядеть примерно так:


См также здесь .

BaZa
А как же быть с ID? (distinct agentName,ID)

Так и написать
setGrouping("agentName, ID");

Собственно все, что написано в этом параметре попадает в дескриптор "GROUP BY ..." при генерации SQL-кода. Здесь же можно вписать и дескриптор "HAVING ...". Я привел ссылку, по которой можно найти примеры для Versant JDO.

Что-то у вас с используемой реализацией JDO не так. Возможно слишком старая версия. Так, к примеру, привожу выдержку из документации по последней версии 3.3.3 Kodo JDO:


Now we have our subtitle data, but we're faced with a new problem: a lot of subtitles start with the same 3 characters, and we really only want to process each string once. Luckily, JDO has a built-in solution. If you begin a result string with the distinct keyword, JDO filters out duplicates. This applies not only to simple projections as in this example, but to complex projections consisting of multiple return values, including persistent object values.

Example 11.16. Distinct Projection

Query query = pm.newQuery (Magazine.class, "price < 5 "
+ "&& coverArticle.subtitles.contains (ttl)");
query.setResult ("distinct ttl.substring (0, 3)");
Collection ttls = (Collection) query.execute ();
for (Iterator itr = ttls.iterator (); itr.hasNext ();)
processSubtitle ((String) itr.next ());
query.close (ttls);

Note
Some object-relational mapping products require you to alter your query to circumvent duplicate results caused by relational joins. In the simple case, this may only involve using a SELECT DISTINCT equivalent. But in the complex case, such as with aggregate data, you might need to tell the implementation to use subselects and other complicated workarounds to avoid the relational joins problem.

This is not the case in JDO. JDO implementations always automatically eliminate duplicates caused by relational joins. You only need to use the distinct keyword in your JDO result string when there are repeated values in the database that you'd like to filter out.