kamolsan1. Надо чтобы на клиентскую машину из удалённой базы выкачать в файл содержание blob поля;
Выполняешь запрос к БД, получая данные в экземпляр класса java.sql.Blob. Далее берешь у него поток (как именно -зависит от версии оракловой JDBC) и, читая даные оттуда, пишешь их в файл.
kamolsan2. Заархивировать это файл на клиентской машине, и загнать в другое blob поле удалённой БД.
Файл в архив: http://www.cs.hut.fi/Docs/Eckel/TIJ2ed/code/c11/ZipCompress.java
А в blob данные опять же заполняются через java.sql.Blob. Но при использовании Oracle есть нюансы его предварительного создания.

kamolsanМожно это сделать на сервлетах и чтобы в клиентскую машину выгрузить файл.
Задача разбивается на две:
Выгрузить blob из базы

Дать возможность скачать его клиенту как файл.
Если ты только начинаешь осваиваться, то попробуй решить сперва первую задачу просто в консольном приложении. Далее узнай, как через обращение к сервлету клиент может получить эти данные.
kamolsanZipCompress.java должен находиться на клиентской машине? Его можно запускать сервлетом?
ИМХО лучше передать серверу данные "как есть", иначе тебе придется кроме браузера требовать от клиента что-либо еще.

Клиент должен его запросить, например, нажать ссылку на странице. Ищи примерно так

Вот, к примеру: http://forum.java.sun.com/thread.jspa?threadID=549705&messageID=2682309

kamolsan[1. Для работы с файлами клиента, у клиента должна быть дополнительная программа (помимо Internet Explorer’a)?
Что для тебя является "клиентом"? Если это пользователь-человек, то ИМХО ему легче всего предоставить готовый архив, он его изменит сам как ему надо, после чего передаст серверу через:
kamolsan[2. Как отправлять файл серверу?
например, http://jakarta.apache.org/commons/fileupload/ Существующие framework'и, типа Struts, тоже могут содержать в себе средства для загрузки файлов (если ты их используешь). Иначе кроме броузера тебе надо создавать полноценное клиентское приложение с использованием тех средств и языков, с которыми ты знаком.
kamolsan[3. Как можно загнать файл со стороны клиента в blob поле удалённой БД?
только если ты ему предоставишь возможность коннекта в твою базу, что ИМХО не всегда оправданно. Тогда он это может сделать как угодно, вплоть до выполнения sql-запроса. Сделай возможность загрузки файла клиентом на веб-сервер, а потом самостоятельно клади его в базу.

Работа с LOB'ами через Java демонстрируется, к примеру, тут: http://www.oracle.com/technology/sample_code/tech/java/sqlj_jdbc/files/advanced/advanced.html в примере LOB Datatype. Правда, там используется предварительное создание lob-локатора через EMPTY_BLOB() , EMPTY_CLOB(), но можно пойти через метод createTemporaty() классов oralce.sql.BLOB, oracle.sql.BLOB, поищи хоть на этом форуме .

Через Java Web Start, думаю, можно, но это будет уже клиентское приложение, это допустимо? А почему нельзя примерно так: пользователь в браузере указывает имя ирхива и файл, который он хочет к нему добавить. Наживает на кнопу, файл идет на сервер и добавляется к указанному архиву. Причем сам архив может и не скачиваться клииентом. Сделать пользователю выбор на странице:

- загрузить весь архив;
- добавить файл к указанному архиву.

Тогда опять получается две задачи:

заархивировать файл (я уже умоминал пример), для работы с русскими именами можно воспользоваться реализацией ZipOutputStream в Ant

послать данные на сервер через HttpURLConnection. Можно воспользоваться JavaMail для формирования требуемых данных для передачи, если потребуется.