Thread readThread =  new  Thread()
        {
             public   void  run()
            {
                 final  JFrame prBar =  new  ProgressBar("Зачекайте, будь-ласка, формуєся запит ...");
                prBar.setVisible(true);
                setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.WAIT_CURSOR));
                //  Тут твоя программа "пашет"
                EventQueue.invokeLater(
                    new  Runnable(){
                        public   void  run()
                       {
                           prBar.dispose();
                           setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR));
                        // Здесь поток закончил свою работу
                       }
                });
            }
        };
        readThread.start();