Немного сложно сравнить инструменты, т.к. в общем-то это сравнение сборки законченного проекта с 5 конфигурациями (с разделением приложения на слои и без него) и нового проекта в почти зародышевом состоянии. Но сборка с помощью Maven кажется проще, т.к. build.xml в 1000 строк заменен на pom.xml со 150 строками. Все это для одних и тех же технологий. Первоначально сложность вызывает понимание идеологии, но потом вроде как все становится ясно. Советую также создать на сервере зеркало репозитория maven, и проследить, чтобы сборка на произвольном клиенте прошла нормально.