Что я сделал с JBuilder? Почему она стала такой?
Как это исправить?

Нашел решение проблемы. D USER_HOME находиться папка ".jbuilder2006" внутри которого есть файл "user_ru.properties". Там есть параметр browser;delta_font_size значение которого равен -11. Поменял на 0 и все стало нормально. Но я потом увидел другую проблему. Окно настроек не открываеться. Видимо как-то JBuilder портит этот файл и потом при попытке открыть окно конфигурации, то ли из-за некорректных данных что ли, окно не открываеться. Эта папка и файл впервые создаются при первом запуске JBuilder-а. Там хранятся настройки. В случае проблем можно удалить этот файл или папку и после запуска JBuilder заново создаст их, но настройки сбросятся. Я решил, осторожно изменив настройки сделать бэкап этого файла и в случае необходимости восстановить.