Вы хотите чтобы у вас при изменении схемы данных сохранялись все данные? Сдаётся мне, что эта проблема в общем случае не имеет решения и хибернейт тут не причём. Получается, что разработчики хибернейта должны были предусмотреть это частный случай изменения схемы и специально для него написать какую-нибудь фичу.

Опс. Сори. Похоже действительно есть апдейт (и чего только в хибернейт нет) для частных случаев.

"
.....
it drops obsolete tables, columns,
and constraints. It uses the JDBC metadata and creates new tables and constraints
by comparing the old schema with the updated mapping information. Note
that SchemaUpdate depends on the quality of the metadata provided by the JDBC
drivers, so it may not work as expected with some databases and drivers. (We actually
think that SchemaUpdate is not very usable in practice at the time of writing.)
........
"
(Hibernate in Action)