Нет, через чистый апплет нельзя. Смотрите, что они делают (как я понял). Можно закачать выбранные файлы на FTP - тогда туда кто угодно сможет чего угодно закачать. Либо они предлагают сделать JSP (читай - сервлет), который будет отвечать за передачу файлов на сервер. Т.е. чисто логически для сервлета все равно - передан файла через JUpload, либо через обычную HTML-форму.

Не понял, вы меня спрашиваете? Я с этой штукой не работал, хотя во вкусности добавлю.
Но у них есть такие фразы
Отсюда я делаю следующий вывод. В апплет встроен FTP-клиент, который может копировать файлы на сервер. Единственное "но" - пароль и логин будет доступен на стороне пользователя. И это не может не огорчать.

Про PHP меня ваша фраза заинтересовала. Если вы умеет делать закачку файлов с помощью PHP-скрипта, то просто натравите JUpload на ваш PHP-скрипт закачки. Самый оптимальный для вас вариант, как я понимаю. Там даже есть параграф, посвященный PHP.