Наверное поинт в том что это свойство надо устанавливать как можно раньше. До того
как отработали статические конструкторы системных классов.

А если ты будешь где угодно в программе баловаться System.setProperty(..) то этот
порядок нельзя будет выдержать. Поэтому используй параметры командной строки.

Или указывай charset явно перед открытием текстовых файлов. В основном эта настройка только для них.