http://blog.local.ch/en/2007/04/18/java-finding-differences-in-objects/ -- вот это можно использовать на свой страх и риск, или допилить до того что вам нужно.
А вот тут обсуждение на stackoverflow - http://stackoverflow.com/questions/2546222/differences-between-2-objects-with-java-reflection-how

авторне знаю, как вы в Java пишите.
У меня в D в объектах по 3-4 класса-композита и наследники. В каждом из них ещё "матрёшки".
Т.е. куча состояний, связей.
====
Аналог - сравнить\скачать 2 страницы сайта имеющей ссылки. Обычно качалка ставит ограничение - далее 2-го колена ссылки - не качать.
imho
Тут надо цель сравнения иметь.

А при чем тут наследники? На самом деле тут рекурсивный алгоритм, разворачиваем все суперклассы и поля до примтивных типов и сравниваем, ничего сверхъестественного.
Кстати по-моему интересная задача для обсуждения на собеседовании, наводящими вопросами можно обсудить чуть ли не все java core

авторНу, хз. Я вот сам постоянно забываю что нельзя нормально получить поля включая предков. Уже третий раз сталкиваюсь и всё равно не помню. Зато в Spring нашелся полезный шаблон для этого.

Ну так в этом и вся соль имхо, естественно многие забудут, на то и наводящие вопросы, а что если у класса есть суперкласс? - а что если есть коллекция? А как лучше всего сравнивать строки? а что если это generic класс? и т.д - просто лично мне гораздо проще говорить имея конкретную, понятную задачу, чем какие-то абстрактные, никому не нужные головоломки или corner-case. К тому же интересно увидеть как человек думает, знает ли про Reflection, про рекурсию и т.д.

А то как-то было у меня on-call собеседование с шарингом экрана, где надо было написать библиотеку для работы с дробными числами с использованием TDD, ну и что тут можно гвоорить когда я с дробями имел дело последний раз лет 10 назад, а тут вполне себе реальная практическая задача.