В IDEA есть Remote Debug. Можно и обычным запускать. В чем проблема с запуском я не очень понял. В конфигурации выбираем нужную и потом кнопкой Debug. Ничем не отличается от отладки любого проекта.

Без исходников дебажить построчно нельзя. Но в качестве исходников можно любую фигню подставить. Вы разве что не будете видеть код, но при этом сможете немного ориентироваться по фрейму.

Важно чтобы классы содержали отладочтную инфу. Без неё отладка не возможна. Либо возможна, но, например, без просмотра локальных переменных.

В IDEA есть плагин, который автоматом декомпилирует просматриваемый класс.

Breakpoint можно ставить на метод. Но JVM при этом сильно тормозит.

jdb полезен только там где нет GUI, например в линуховой консоли.

Задайте более конкретный вопрос.

Basil A. SidorovЯ должен создавать проект только для того, чтобы разблокировать кнопку "Отладка"?
Да.

Basil A. SidorovЭто нормально или я чего-то не понимаю?
NetBeans позволяет работать без проекта? IDE это же не текстовый редактор. Проект это единица, которой IDE оперирует.