Lonely Morgan1. Можно ли пользоваться одним EJB3 из нескольких EAR'ов? У меня при попытке включить EJB еще в одно приложение сервер приложений справедливо ругается, что такое JNDI-имя уже существует.

Так, не надо один и тот же бин включать в каждый ear. Нужно вынести в отдельный ejb-jar и все модули будут им пользоваться.

Lonely Morgan2. Главный вопрос. Часть приложений используют EJB2.1, часть EJB3. Сейчас большое количество кода написано с учетом третьей версии. Может ли один EJB использоваться и в старых и в новых приложениях?
EJB3 и EJB2.1 концептуальных различий не имеют. Поменялся только синтаксис, так чтобы разработчику не нужно было прописывать тонны рутинных и не нужных методов и толстые xml дескрипторы.
Спецификация обязывает поддерживать обратную совместимость. Поэтому, полагаю, проблем с использованием обоих быть не должно.