существует удаленный клиент, а существует локальный (в той же JVM)
В случае удаленного клиента, у каждой стороны должна быть своя копия класса.
В случае локального клиента, это уже не сработает. Общие классы должны быть вынесены в общие библиотеки (например ear или специальная дериктория на уровне сервера)
Если два локальных приложения (war и ejb-jar) имеют по своей копии класса и не упакованы в единый ear, то копии класса будут загружены разными ClassLoader-ами. Поэтому с точки зрения JVM они будут являтся разными классами. Результат - ClassCastException с некоторыми вариациями.

Можно, конечно, и локально разрулить две копии через Remote интерфейс. Но это будет излишней нагрузкой на сервер из-за того что параметры будут сериализоваться.