private void write(Connection conn) throws Exception {
	PreparedStatement masterStmt = null; 
	PreparedStatement firstChildStmt = null;
	PreparedStatement secondChildStmt = null;
	
	long batchRecordCount = 1000; // Для примера, на самом деле это настроечный параметр
	long commitRecordCount = batchRecordCount*10; // Для примера, на самом деле это настроечный параметр (должно делиться нацело на batchRecordCount)

    	long bCnt = 0; // счетчик кол-ва обработанных записей

    	try {   
		// готовим PreparedStatement-ы для всех необходимых INSERT-Ов
        	masterStmt = conn.prepareStatement(masterSQL);
        	firstChildStmt = conn.prepareStatement(firstChildSQL);
        	secondChildStmt = conn.prepareStatement(secondChildSQL);
		// остальные сущности для краткости пропущены

		// пакетная вставка
	    	for (СalcMasterObject master : masterMap.values()) {
			// установка bind-переменных
                	masterStmt.setLong(1, master.masterData.getId());
			// и так далее ...
	    		
	    		masterStmt.addBatch();
	    		bCnt++; // считаем кол-во строк
	    		
			// Аналогично сохраняем дочерние сущности
	    		for (firstChildData fcd : master.firstChilds.values()) {
	    			firstChildStmt.setLong(1, fcd.getId()); // и так далее ...
	    			....
	    			firstChildStmt.addBatch();
	    		}
	    		for (secondChildData scd : master.secondChilds.values()) {
	    			secondChildStmt.setLong(1, scd.getId()); // и так далее ...

	    			secondChildStmt.addBatch();
	    		}
			
			// остальные сущности для краткости пропущены
			....

			// сохранение порции с commit-ом
	    		if (bCnt%batchRecordCount == 0) {
		    	    	masterStmt.executeBatch(); 	masterStmt.clearBatch();
		    	    	firstChildStmt.executeBatch();	firstChildStmt.clearBatch();
		    	    	secondChildStmt.executeBatch();	secondChildStmt.clearBatch();

		    		if (bCnt%commitRecordCount == 0) {
		    			conn.commit();
		    		}
	    		}
		}
		// сохранение последней (неполной) порции с commit-ом
    		if (bCnt%batchRecordCount != 0) {
		    	masterStmt.executeBatch();
		    	firstChildStmt.executeBatch();
		    	secondChildStmt.executeBatch();

    			conn.commit();
    		}
    		
	} catch (Throwable e){
		// здесь необходимая обработка исключений, в том числе явный откат транзакции
		conn.rollback();
		...
		throw e;
	} finally {
		// освобождение ресурсов
	}
}