Странная постановка задачи. У вас есть P связаный с двумя категориями. Поэтому при выборке Р по любым критериям, в списке должно быть две категории. Если вам нужны категории, то выбирайте их, а не Р.
Как вариант, можно запросом вернуть пары Р и категорию. Но в спике Р должно быть столько категорий сколько их в базе.

maksaimerЯ прекрасно понимаю, что подход слегка нестандартный, но в контексте задачи он является самым локаничным и простым. Больше интересует вопрос почему hibernate себя так ведет?
Я ведь объяснил выше. Давайте повторю. Задача хибера дать вам слепок состояния в БД в виде объектов. Ваш запрос выбирает Parent, у которого две категории. Поэтому хибер вам старается выдать обе категории, согласно состоянию сущности в БД.
Если вам нужны Child, а не Parent, то выбирайте Child. Вы же выбираете Parent и удивляетесь что у него столько же Child сколько и в базе.

maksaimerвопрос в том, что я хочу выбрать Parent с фильтрацией children.

Тогда почему вас волнует количество children?

maksaimer Мне кажется вы меня не поняли.

Объясните?

maksaimer 2 запроса одинаковый ответ, хотя отличается категорией. Такого не должно быть.
Почему? Если у Parent две категории. Вы первый раз ищите Parent по первой категегории и находите его. Ищете по второй категории и тоже находите его. Ноу Parent две категории, его состояние в БД не изменится вашим SELECT запросом.

maksaimerBlazkowicz,

Категория находится в таблице Child, а не в Parent.

Я выбираю Parent, но также хочу отфильтровать children, что не совсем правильно выходит.

В первом запросе все верно, во втором результат первого, хотя children должны быть другие, так как филтруются уже по другой категории.
Когда вы выбираете Parent то и фильтровать мы можете только Parent. Вы даже не пытаетесь понять то что я выше написал и повторяете одно и тоже как мантру. Я с вашей моделью не знаком, поэтому глупо с вашей стороны придираться к словам. Child или "категория" - какая разница в данном случае?

ЛагманВам лучше наверное так выбирать:

http://stackoverflow.com/questions/6877857/jpa-query-that-returns-multiple-entities
Именно это я и имел ввиду в первом ответе. Только обозвал Child категорией, чем вероятно запутал автора темы.