Причина в утечке классов, из-за чего все классы вашего приложения не могут быть выгружены. Чаще всего это происходит из-за того что ваше приложение при деплойменте регистрирует JDBC драйвер.

В Tomcat 7 есть средства по предотвращению и анализу утечек в PermGen. Должен при редеплое писать полезную инфу в лог.
Утечка обнаруживается элементарно с помощью jvisualvm. Деплой\андеплой приложения. Делаем дамп кучи и ищем как классы приложения связаны с GC Roots.

Usman Похожая тема
Даже близко не оно.

zura.programmerЯ использую Spring и кроме JDBC он много чего регистрирует. Искать каждый класс и уничтожить его, дело трудоемкое. Могут ли справляться с этим сервера приложений (JBoss, Web Logic ...)? Существует стандарт по обновлению приложение без перезагрузки сервера?
Вы даже приблизительно не понимаете о чем пишете, но при этом пишете так словно всё понимаете.
Ничего такого Spring в родительских класслоадерах web приложения не регистрирует.
"Искать и уничтожать классы" не нужно. Нужно найти тот который не даёт GC выгрузить весь ClassLoader из кучи.
В Tomcat 7 есть средства анализа утечек в PermGen
http://wiki.apache.org/tomcat/MemoryLeakProtection
Не думаю что WebLogic может предложить что-то концептуально другое.
А JBoss aka WildFly в качестве контейнер сервлетов использует тот же Tomcat.

Если что-то не понятно из того что вам отвечают - спрашивайте и уточняйте, а не спорьте.