Нормальная схема, при условии, что доступ к MySQL возможен только через ВЕБ.
Но я бы рассмотрел возможность работать напрямую. Я не знаю, есть ли возможность обратится к MySQL через ADO. Если есть, то данные лучше качать напрямую, через Linked Server. Или через OPENROWSET.
В любом случае, работу через веб-серверные скрипты надо стараться исключать - безопасность-с. Возможно, лучше будет закачивать на веб текстовой файл и тянуть его в серверную базу.