Во первых, приложения какого плана разрабатываются? От этого и надо плясать. Т.е. на делфе можно наваять красивые окошки, а на яве - кроссплатформенные приложения. MSSQL - это мощно и круто, mySQL - это просто (но тоже до определенной степени мощно). Если ваять что-нить для веба, то наверное, лучше их вариант. Хотя не известно, какие объемы данных будут на сервере, какие требования к безопасности и т.п.
Другое дело, что сотрудники вашей организации не могут писать на яве - тогда смысла переходить на нее для разработки ПО просто нет - надо сначало изучить яву...
А вообще, по своему опыту работы в вузе скажу - у нас был лицензионный ArcInfo, ArcView, Erdas. Это ПО народ у нас знал, студентов обучали, проекты делали. А потом головной вуз, курирующий наше направление, обзавелся у себя лицензиями MapInfo (до этого у них ничего не было!). И началось принудительное перетаскивание всех остальных на MapInfo :(