Дело в том, что в RTL есть только одно исключение - то, которое выбрасывается. Поэтому к нему-то фильтры и применяются. И не только фильтры, вообще вся работа идёт с ним. Все предыдущие исключения (которые в inner сохраняются) - это уже обвес EL. Т.е. в код была специально добавлена конструкция, которая вместо текущего исключения (как это в Delphi по дефолту происходило бы) в баг репорт запишет исходное. Иными словами, это специальный случай, который обрабатывается явно.

Возможно, стоит добавить новую галку "к чему применять" в свойства фильтра?