TVirtualKind = (vkNode, vlLeaf);

type
  PVirtualData = ^TVirtualData;
  TVirtualData = record
    Top    : PVirtualNode;  //"бэкап" парента
    Kind   : TVirtualKind;
  end;

//Тут уже код перестройки дерева, либо с парентами либо без
var
Next : PVirtualNode;
Node : PVirtualNode;
begin
Tree.BeginUpdate;
Next := Tree.GetFirst;
while Assigned(Next) do
begin
  Node := Next;
  Next := Tree.GetNext(Next);
  with PVirtualData(Node.GetData)^ do
  case Kind of
  vkNode: Tree.IsVisible[Node] := vsNodes in FShow;
  vkLeaf:
    begin
      if vsNodes in FShow then
        Tree.NodeParent[Node] := Top else //PVirtualData(Node.GetData)^.Top
        Tree.NodeParent[Node] := Tree.RootNode;
    end;
  end;
end;
Tree.EndUpdate;
end;