эхх... делал я такую программку. красота, конечно, но когда её (программу) -заменять-то? я сделал модуль проверки новой версии программы, и в дальнейшем использовал его в других приложениях. при запуске программы проверяется версия на сетевой шаре, если есть обновления - вызывалась внешняя программа (я ее сделал консольной), которая подменяла экзешник и запускала обновленную программу сама. глюки могут быть в том как пользователи входят в сеть, точнее - как они в нее не входят :)
так как у нас могли пользоваться модемным доступом, то все пришлось сделать при помощи ФТП компонент, а это очень большой минус тоже, например если ИИС подвисает, то ФТП компонент тоже, и никаким тайм-аутом его из зависа этого не вытащишь.
намного сложнее и интереснее сделать вариант когда обновление требуется во время работы программы. кстати, подмена версий очень здорово сделана в ASP.NET.
а можно особо не мучаться. вроде есть прога типа AutoUpdate. там по инишнику все проверяется, копируется, и запускается