TForm1 = class(TForm)
    ...  
  public
    ActiveChart: integer;
    procedure MyChartEnter(Sender: TObject);
  end;
  
  procedure TForm1.MyChartEnter(Sender: TObject);
  begin
    ActiveChart:= (Sender as TControl).Tag;
  end;

// При создании для каждого Chart укажи уникальный Tag, 
// обработчик события OnEnter и Меню:
   for i:=  1  to n do
   with TChart.Create(Form1) do
   begin
     ...
     Chart.Tag:= i;
     Chart.OnEnter:= MyChartEnter;
     Chart.PopupMenu:= PopupMenu1;
     ...
   end;

   procedure TForm1.ChartSelectMenuItemClick(Sender: TObject);
   begin
      // Номер выбранного Charta = ActiveChart
      // По моему, лучше всего организовать свои Chart в массив
      // тогда будет что-то вроде MyChartArray[ActiveChart].ChtoNibud;
   end;